Cilj Konferencije je ispitati kako teorijske modele tako i konkretne načine međudjelovanja religijskih orijentacija i sekularnih modela politike i društva u evropskom prostoru, s posebnim naglaskom na manjinske vidike. Njen vodeći princip jeste da, ukoliko se između različitih grupa želi izgraditi osnos tolerancije i razumijevanja i ukoliko se želi oblikovati građansko društvo, onda je neophodno ukoliniti potencijalne barijere između sekularnih modernih i nešto tradicionalnijih religijskih vrijednosti. Politička orijentacija i religijska praksa mora se razvijati kako na religijskim tradicijama tako i na uvidima u sekularnu modernost na neke nove i kreativne načine.
Kako se radi o regionalnom projektu, njegov bi rezultat trebalo biti osnaživanje regionalne saradnje i zajedničkog djelovanja putem poboljšanja prekogranične saradnje između građana i drugih grupa kako bi se riješili zajednički problemi, razmjnjivali najbolji načini rada u cijeloj regiji, uspostavile reginalne mreže, uspostavile mreže između vlasti, nevladinih organizacija, građanskih inicijativa te drugih institucija koje rade na unapređenju razumijevanja i saradnje u regiji.
Program Konferencije okuplja istraživače iz svih dijelova svijeta, kao i sudionike u različitim pothvatima usmjerenim na razumijevanje i jačanje povjerenja među različitim kolektivnim identitetima u savremenom društvu. Sudionici Konferencije jesu vodeći istraživači iz različitih dijelova svijeta. Panelima također mogu prisustvovati zainteresirani političari i dužnosnici, istraživači, aktivisti iz trećeg sektora te mediji iz regiona i šire. Naučnici iz organizacija koje sudjeluju u pripremi i provedbi programa bit će pozvani da budu uvodni predavači.
Nakon svake konferencije prikupljaju se materijali koji služe kao osnov za plenarne sjednice, a zbornik radova prezentiranih na konferenciji objavljuje se kao broj časopisa Forum Bosnae: br. 38/07 i br. 39/07 s materijalima iz 2006.; br. 44/08 pokriva teme iz 2007., br. 46/08 i br. 48/09 donosi materijale iz 2008., a br. 49/10 i 51/10 radovi iz 2009. i tako u kontinuitetu sve do 2020. godine.